За годы работы в Театре на Литейном сыграла более 20 ролей. В их числе: Марта («Роза Бернд» Г. Гауптмана, режиссёр Л. Додин), Пеппи («Пеппи Длинныйчулок» А. Линдгрен, режиссёр М. Левшин), Ольга («Ночные забавы» В. Мережко, режиссёр А. Кац), Алиса Флоринская («Плюшевая обезьянка в детской кроватке» М. Яблонской, режиссёр Л. Эренбург), Марта («Валенскианская вдова» Лопе де Вега, режиссёр Я. Хамармер), Наташа («Городской романс» М. Угарова, режиссёр А. Галибин), Элиза («Скупой» Мольера, режиссёр Г. Тростянецкий), Бела Берло («Потерянные в звёздах» Х. Левина, режиссёр Г. Дитятковский), Присцилла («Театр Химер» Х. С. Синистерра, режиссёр М. Бычков), Зинаида Райх («Любовь и смерть Зинаиды Райх» В. Семеновского, режиссёр И. Ларин), Иокаста («Эдип-царь» Софокла, режиссёр А. Прикотенко). За роль Эвы Лотты в спектакле «Сыщик, или никто» А. Линдгрен (режиссёр Ю. Аникеев) Елена Немзер была награждена премией «Лучшая актриса 1982 года». Елена Немзер не только актриса, но и талантливый художник, работающий в разных жанрах. В Театре на Литейном по эскизам Елены Немзер оформлялись спектакли «Роль», «Прощай, Иуда», «Плюшевая обезьянка в детской кроватке», а также программка спектакля «Арфа приветствия» (реж. А. Галибин). 

В Александринском театре впервые сыграла, как приглашённая актриса, в спектакле «Цветы для Чарли» Д. Киза (реж. И. Сакаев, 2007), исполнив роль Матери Чарли.

Дебютом на Основной сцене Александринского театра стала работа в спектакле «Ксения. История любви» В. Леванова (реж. В. Фокин, 2009).  В 2009 году сыграла роль Лидии Астафьевой — героини пьесы Александра Вампилова «Дом окнами в поле». Эта пьеса Вампилова стала частью спектакля «Вампилов. Пьесы», созданного молодым режиссёром Олегом Ерёминым по ранним произведениям «Несравненный Наконечников», «Дом окнами в поле» и «Воронья роща». В спектакле «Счастье» А. Могучего и К. Филиппова сыграла роль Первого Деда Мороза (реж. А. Могучий, 2011). В 2013 году принимала участие в театральном проекте «Невский проспект. Городские этюды», представленном в рамках 7-го Международного театрального фестиваля «Александринский» и на Международном театральном фестивале «Балтийский дом». В 2014 году сыграла главную роль в спектакле Николая Рощина «Старая женщина высиживает» (Новая сцена Александринского театра). В спектакле Валерия Фокина 2015 года «Третий выбор» (вторая редакция спектакля «Живой труп») сыграла роль Анны Павловны.

В сентябре 2015 года исполнила роль Панталоны в спектакле Николая Рощина «Ворон» по одноимённой пьесе К. Гоцци. За эту роль в июле 2016 года номинирована на Высшую театральную премию Санкт-Петербурга «Золотой софит» («Лучшая женская роль»). В 2017 году стала лауреатом Российской национальной театральной премии «Золотая Маска» в номинации «Женская роль второго плана». 

В сентябре 2016 года сыграла роль старухи-процентщицы Алёны Ивановны в спектакле «Преступление и наказание» (реж. А. Виднянский), которым открылся X Международный театральный фестиваль «Александринский». В феврале 2017 исполнила роль Мамаши Кураж в спектакле «Мамаша Кураж и её дети» Теодороса Терзопулоса. За эту роль была номинирована на Высшую театральную премию Санкт-Петербурга «Золотой софит» (сезон 2016/2017), награждена Международной премией Станиславского в номинации «Мастерство актёра». В 2019 году награждена Shanghai Magnolia Stage Performance Award в номинации «Лучшая актриса» за исполнение роли Мамаши Кураж на фестивале Modern Drama Valley в мае 2018 года в Шанхае.

В 2017 году введена на роль свахи Фёклы Ивановны в спектакль Валерия Фокина «Женитьба».

В 2018 году исполнила роль Кати I в спектакле Валерия Фокина «Швейк. Возвращение» по мотивам романа Я. Гашека «Похождения бравого солдата Швейка во время мировой войны», драматург — Татьяна Рахманова.

В феврале 2019 года в спектакле Валерия Фокина «Рождение Сталина» исполнила роль Кеке, матери Иосифа Джугашвили. В сентябре 2019 года в спектакле Николая Рощина и Андрея Калинина «Дети у власти» сыграла роль шестилетней Эстер. В декабре 2019 года исполнила роль Товарища Ундертон, машинистки Товарища Победоносикова в спектакле Николая Рощина «Маяковский. Баня» по пьесе В. Маяковского.

В 2020 году сыграла Судью в спектакле Теодороса Терзопулоса «Маузер».

В 2021 году исполнила роль няньки Антоновны в спектакле Николая Рощина «Дети солнца». «Не напрямую, но сущностно резонирует с главным героем нянька Антоновна. Елена Немзер в ореоле совершенно белых, вздыбленных волос похожа на постаревшую Кассандру: ёрнически крестясь двумя скрюченными перстами, она посылает в пространство реплики откуда-то с полюса вечности. Как и Протасову, ей дано не играть — но длиться в пространстве, быть. Между этими полюсами мерцает смысловая ось постановки: грандиозные перспективы человечества во все времена готова подпортить поправка на человека в холщовом исподнем». (Лидия Тильга. Светит, да не греет // ПТЖ. №1. 2021). В этом же году сыграла роль Судьи в спектакле «Процесс» по роману Ф. Кафки (реж. А. Виднянский, 2021). «Судья — высокий чин в группе потусторонней нечести. Елена Немзер играет эту роль очень точно и вкрадчиво, на полутонах, как истинный мастер гротеска» (Мария Иванова. В Александринском театре выпустили «Процесс» по роману Франца Кафки // Российская газета. 17.12.2021).

В декабре 2022 года сыграла Шута в спектакле Николая Рощина «Отелло». «Но герметизму спектакля отважно противостоит Шут — Елена Немзер: она тоже из числа постоянных спутников Рощина. В системе мейерхольдовских амплуа (...) Немзер —клоун, шут, дурак, эксцентрик. Подрывник, разбиватель формы. Чего стоил не вполне цензурный монолог её Пантолоны на свадебном застолье "Ворона": сплошное бесчинство в стилистике doc. Но сегодняшний Шут, скорее, — страж формы: собиратель апокалиптических фантазий Рощина к началам здравого смысла. Репризы, что бьют не в бровь, а в глаз, — провокация прямых контактов с залом, и аплодисменты здесь неизменны. "Чо щуришься?", — дразнит Шут мавра, сплошь зататуированного узорами пейсли. "Вернулся с войны, руки-ноги целы. Жить бы да радоваться!.." Актриса делает шаг в сторону от над-мирности Шекспировских шутов с петербургской пропиской. (...) Немзер возвращает спектакль земле — даже когда, убегая по зрительскому проходу, на минуту приостанавливается для саркастического итога: "Все просрали. Но как-то по-особенному просрали душу..."». (Лидия Тильга. Чёрным по чёрному // Петербургский театральный журнал. №1(111). 2023. С. 80-84 )

В 2023 году в спектакле «Руслан и Людмила» (режиссёр Антон Оконешников) по одноимённой поэме А. С. Пушкина сыграла роль Наины. Елена Яковлевна — настоящий мэтр перевоплощений, все её образы настолько разные и непохожие друг на друга, объединяет их, пожалуй, только гротеск. Евгений Хакназаров описал её Наину: "В спектакле есть еще одна невеста — это злыдня Наина (Елена Немзер). Рисунок этой роли — инфернальное комикование. По сцене она перемещается со смертоносной косой вместо клюки, цветики на её венце украшены масонскими глазиками, ненавидит она все и вся. Такое поведение сочетается с кокетничаньем, загробным смехом и мрачными призывами: «Убей!», на которые с готовностью откликается подучаемый ею Рогдай, приземистый битюг с устрашающей шипованной булавой". (Евгений Хакназаров. Пушкинская резня бензопилой: «Руслан и Людмила» в Александринском театре // Культура. 23.05.2023)

В январе 2024 года в спектакле Никиты Кобелева «Воскресение» сыграла несколько ролей: Корчагина, Кораблёва, Старик. «Чудеса психологической эквилибристики демонстрирует Елена Немзер, возникая то в светском салоне (кстати, стол в этом салоне — тот же казенный стол, что и в сцене суда) манерной блондинкой, матерью невесты Нехлюдова Мисси, то в женской камере старухой Кораблёвой, зарубившей топором мужа, пристававшего к дочери, мощной, нутряной, почти бесполой старостихой, первой среди равных». (Жанна Зарецкая. Новая жизнь никому не дается даром: Александринский театр выпустил «Воскресение» с Жизневским // Фонтанка.ру. 29.01.2024)

Награды и премии

• 1982 — Премия «Лучшая актриса 1982 года» за роль Эвы Лотты в спектакле «Сыщик, или никто» А. Линдгрен (реж. Ю. Аникеев, Театр на Литейном)
• 1996 — Заслуженная артистка РФ (Указ Президента РФ № 512 от 09.04.1996)
  
• 2017 — Российская национальная театральная премия «Золотая Маска» в номинации «Женская роль второго плана» — за роль Панталоны в спектакле «Ворон» (реж. Н. Рощин, 2015)
• 2017 — Международная премия Станиславского в номинации «Мастерство актёра» — за роль Мамаши Кураж в спектакле «Мамаша Кураж и её дети» (реж.Т. Терзопулос, 2017)
  
• 2019 — Shanghai Magnolia Stage Performance Award в номинации «Лучшая актриса» за исполнение роли Мамаши Кураж на фестивале Modern Drama Valley в мае 2018 года в Шанхае
• 2019 — Медаль Ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени за большой вклад в развитие отечественной культуры и искусства, многолетнюю плодотворную деятельность (Указ Президента Российской Федерации от 13.06.2019 № 274)
• 2021 — Благодарность Президента Российской Федерации (Распоряжение Предидента РФ от 15.12.2021 № 358-рп) за заслуги в развитии отечественной культуры и искусства, многолетнюю плодотворную деятельность
• 2024 — Премия фестиваля «Театры Санкт-Петербурга — детям» в номинации «Лучший актёрский дуэт» в спектакле Антона Оконешникова «Руслан и Людмила» (Финн и Наина — Иван Трус и Елена Немзер).