Роли в учебных и дипломных спектаклях: Человек из-под земли («Преступление и наказание» Ф. Достоевского, реж. А. Иванова), Андрей («До свидания, мальчики...», реж. В. Фильштинский), Пассажир корабля («Урок в стиле джаза. Любовь. Корабль. Сны», реж. И. Ляховская, хореограф Ю. Васильков), Парис («Ромео и Джульетта. Этюды о любви и ненависти» реж. В. Фильштинский), Старушка («Ю» О. Мухиной, реж. Г. Бызгу), Ляпкин-Тяпкин («Пролетая над богоугодным заведением» по пьесе Н. Гоголя «Ревизор», реж. А. Прикотенко). Играет моноспектакль «ЯР.МО. Contra et Pro» (высказывание в лицах по текстам Ярослава Могутина, реж. Ю. Васильев). В феврале 2007 года Андрей Матюков представил эту работу на фестивале моноспектаклей «Монокль», где стал лауреатом первого тура, получив возможность выступить на международном туре конкурса, был удостоен диплома «За новаторское освоение современной литературы».

На Александринской сцене дебютировал в 2006 году в спектакле «Эдип-царь» Софокла (реж. Т. Терзопулос), где в числе других артистов сыграл участника античного хора фиванцев.  Ввелся на роль Петрушки в спектакль «Двойник» по «петербургской поэме» Ф.М. Достоевского.  Роли в спектаклях: Художник Петушков («Живой труп» Л.Н. Толстого, реж. В. Фокин, 2006), Комарик («Муха» по одноименному стихотворению И. Бродского и сказке К. Чуковского «Муха-Цокотуха», реж. О. Еремин, 2007), Анучкин («Женитьба» Н.В. Гоголя, реж. В. Фокин, 2008), Ма Син, служка в пагоде («Человек=Человек» Б. Брехта, реж. Ю. Бутусов, 2008), Гибнер («Ревизор» Н.В. Гоголя, реж. В. Фокин, 2009). В спектакле Олега Еремина «Вампилов. Пьесы» (2009) Андрей Матюков сыграл Михаила Наконечникова – незадачливого парикмахера, внезапно обнаружившего в себе талант драматурга. В спектакле, созданном по ранним произведениям Александра Вампилова «Несравненный Наконечников», «Дом окнами в поле» и «Воронья роща» – именно «несравненный» Наконечников становится автором двух других одноактных пьес. Наконечников словно бы сочиняет эти сюжеты на глазах у зрителя – сначала легко, играя, а затем все больше и больше проникаясь собственным сочинением, включаясь в судьбы своих героев. И вот уже само произведение начинает жить и развиваться по собственным внутренним законам, подчиняя фантазию автора логике художественного творения. Но увлекательное сочинительство всего лишь плод разыгравшегося воображения. В финале Наконечников вновь оказывается посреди своей парикмахерской, с помазком в руках, рядом с обескураженным клиентом, умоляющим закончить работу. В чем настоящее призвание Наконечникова: остаться парикмахером или уйти в сочинительство – вопрос этот в спектакле остается открытым.  В новом спектакле Валерия Фокина «Гамлет» (2010) играет роль Горацио. В 255-ом сезоне (сентябрь 2010 год) сыграл роль Пажа в спектакле «Укрощение строптивой» В. Шекспира (реж. О. Коршуновас), а также введен на роль Первого молодого человека в спектакль «Ксения. История любви» В. Леванова (реж. В. Фокин).  В 2010 году введен в спектакль «Иваны» по «Повести о том, как поссорился Иван Иванович с Иваном Никифоровичем» и другим произведениям Н.В. Гоголя (реж. А. Могучий). В спектакле «Счастье» А. Могучего и К. Филиппова был занят в массовых сценах (санитары, врачи скорой помощи, нерожденные младенцы, скелеты, птицеголовые слуги царицы Ночи) (реж. А. Могучий, 2011), а с 2014 года введен на роль Тильтиля. Участвует в хороводе масок в спектакле Валерия Фокина «Маскарад. Воспоминания будущего» по драме Михаила Лермонтова «Маскарад» и спектаклю Всеволода Мейерхольда 1917 года.  В спектакле Валерия Фокина 2015 года «Третий выбор» (вторая редакция спектакля «Живой труп») сыграл роль Виктора Михайловича Каренина.В спектакле Валерия Фокина «Швейк. Возвращение» исполнил роль Лукаша.

Снимается в кино и телесериалах: «Охотники за головами», «Шерлок Холмс», «Преступление и наказание», «Смерть Вазир-Мухтара», «Одержимый», «Ментовские войны», «Улицы разбитых фонарей», «Агент национальной безопасности» и др.