Первым театром для Ивана Благодёра стал ТЮЗ. В начале 1970-х годов он пришёл в Молодежный театр, возглавляемый в те годы Владимиром Малыщицким. Он был и концертмейстером, и педагогом по вокалу, и актёром, и музыкальным руководителем почти всех спектаклей этого театра с момента его основания. Сотрудничал с ведущими режиссёрами Санкт-Петербурга: Владимиром Малыщицким, Ефимом Падве, Семёном Спиваком, Александром Галибиным, Владимиром Тумановым, Татьяной Казаковой, Григорием Козловым и др. 

В 1998 году был удостоен почётного звания «Заслуженный работник культуры России».

С 2001 года работает на кафедре вокала и музыкального воспитания Санкт-Петербургской государственной академии театрального искусства, преподает дисциплины «сольное пение», «вокальный ансамбль». С 2004 года — заведующий кафедрой вокала и музыкального воспитания. Участвовал в создании таких учебных спектаклей, как «До свидания, мальчики» по прозе и поэзии Б. Окуджавы (курс В. Фильштинского), «Старый дом» А. Казанцева и «Не было ни гроша, да вдруг алтын» А. Островского (курс А. Шведерского), «Ночная репетиция по М. Булгакову и «Вишнёвый сад» А. Чехова (курс Ю. Красовского). Стал инициатором проведения и руководителем ежегодного Международного вокального конкурса студентов театральных вузов «Поющая маска» (2005-2006).
Работал в Москве — с Александром Галибиным над «Обломовым» и с Николаем Шейко над «Учителем словесности»; в Новосибирском театре «Глобус» — над  спектаклем «Бульвар преступлений» (реж. А. Галибин). Работал в театрах Польши, Финляндии, Литвы.
2 декабря 2006 года в рамках проекта «Гранд-мастер-класс», посвящённого 250-летию российского театра, дал мастер-класс по вокальному воспитанию актёров в Санкт-Петербургской государственной академии театрального искусства.

В 2011 году Ивану Благодёру присвоено почётное звание «Заслуженный артист Российской Федерации» (Указ Президента РФ № 231 от 24. 02. 2011).

В 2022 году награждён Орденом Дружбы «за большой вклад в развитие отечественной культуры и искусства, многолетнюю плодотворную деятельность». (Указ Президента Российской Федерации В.В. Путина №16 от 20 января 2022 года).

«Мне кажется, что Иван Благодёр как очень талантливый и тонко чувствующий человек, работающий не в Консерватории, а в театре, осмысливает музыкальный ряд спектакля драматически – как внутреннюю жизнь персонажей. Он профессионально разбирается в анализе пьесы, игре актёров, ритме и стилистике каждой отдельной постановки. Я в процессе работы с ним стал разбираться в музыке, а он – в режиссуре. Его можно назвать музыкантом-режиссером».  Семён Спивак

«Иван Благодёр умеет слушать режиссёра, и во время работы у нас не бывает разногласий. Он точно идёт по задаче, и если привносит своё, то это, как правило, соответствует замыслу. Работать с ним – удовольствие, отдавая актёрам, он получает ту же отдачу, и актёры с радостью идут к нему на репетицию. Он следует правилу, что нет музыкально неодарённых людей, и любой начинает петь у него. Это дар». Александр Галибин

«Иван Благодёр обладает уникальным даром: он предан режиссёрскому замыслу и театральной команде. Ведь театр – это всегда команда, а спектакль – это не только театральная ткань, но и духовная связь людей». Григорий Козлов

«Для Ивана Благодёра как автора музыкальной партитуры характерна точность – точность попадания в «тон», в тональность, в стилистику, в жанр каждого спектакля. Музыкальная сцена в его руках становится драматической – в дополнение или в противовес собственно тексту пьесы... В спектакле «P.S.» Ивану Благодёру пришлось выступать в ролях и музыкального руководитля постановки, и дирижёра-репетитора, и репетитора по фортепиано и вокалу. Музыкальный ряд спектакля стал как никогда ранее равноправной составляющей драматического действия, даже, можно сказать, его основой». Екатерина Ефремова  (по материалам статьи «Учитель пения» // «Вечерний Петербург», 24 февраля 1999).

«Сегодня в драматическом театре остро стоит проблема музыкального актёра. Выигрывают и побеждают как раз там, где возникает синтез актёрского мастерства, вокала, умения владеть музыкальными инструментами, хорошо двигаться. Выигрывают актёры, владеющие этими навыками. Если у человека есть провалы в музыкальном образовании, это сильно обедняет... Никто в Питере из музыкантов не занимается серьёзно с актёрами. Опускаются на какой-то такой средний уровень. Музыкантов, которым придётся работать в драматическом театре, никто не готовит. Люди получают классическое музыкальное образование. И задачи у них совершенно другие. Приходя в драматический театр, они продолжают заниматься тем, что получили при классическом вокальном образовании. Это всё правильно и нужно. Но это необходимо применять к драматургии и к конкретной роли у конкретного режиссёра. Вплести это в спектакль они не могут. Получается либо совершенно в разных жанрах, либо все разваливается, потому что к уровню, до которого они пытаются дотянуть актёров, те просто не готовы. Поэтому нужно найти тот баланс, который сделал бы это лёгким, привлекательным...

Самое большое счастье в работе, когда есть возможность открывать для себя что-то новое. Если не происходит открытия, работа для меня становится скучной, неинтересной, никаких эмоций после спектакля не остаётся. Всегда стремился и стремлюсь к тому, чтобы открывать в музыкальном ряде спектакля совершенно неожиданные, редко исполняемые или никогда не исполнявшиеся произведения. В спектакле, построенном на фольклоре, я никогда не шёл по общеизвестным вещам, я всегда пытался открыть что-то неизвестное, брал то, что сам записывал и нотировал, либо находил в архивах потрясающие мелодии, которые аранжировал, обрабатывал, и они звучали в спектакле. И это вызывало большой интерес и у публики, и у критиков. Или, скажем, огромное количество классики. В театре используют банальные ходы, берут классику, которая у всех на слуху. А когда звучат вещи, редко исполняемые или вообще не исполняемые, понимаешь, что открываешь это для людей, и каждый вечер на спектакле несколько сот человек услышат потрясающую музыку, которая редко звучит...». Иван Благодёр (Фрагменты интервью для журнала «Театральная жизнь»)