В числе первых ролей Эры Зиганшиной в Ленинградском государственном театре им. Ленинского Комсомола: Люси («Трёхгрошовая опера» Б. Брехта), Нелли («Униженные и оскорблённые» Ф. Достоевского). Актриса плодотворно сотрудничала с режиссёром Г. М. Опорковым, играя ведущие роли в его спектаклях: «Деньги для Марии» В. Распутина (Мария), «По ком звонит колокол» Э. Хэмингуэя (Пилар), «Утиная охота» А. Вампилова (Галина), «Последние» М. Горького (Софья), «Чайка» А. Чехова (Аркадина). Критики по достоинству оценили работы Эры Гафаровны, особенно выделяя в «Чайке»: «Аркадина — Зиганшина вышла за рамки роли. Это не была провинциальная актриса, гордящаяся тем, как её принимали в Харькове. Это была гениальная актриса. (...) Эра была значительна во всём — как она общалась, двигалась, носила платья. У её Аркадиной были недостатки, она могла быть бестактной, но всё это отодвигалось на задний план. И ещё: она была красива, как ни в одном другом спектакле. Это не была кукольная красота, это была красота художника. Нилице иногда проступала усталость, ибо "искусство — ноша на плечах". (...) Аркадина — Зиганшина воплощала Серебряный век». (Галина Коваленко. Несравненная Эра // Нвский Театрал. №2(05). Февраль. 2014)

Дебютом на московской сцене стал спектакль «Цена» А. Миллера в Театре «У Никитских ворот» под руководством Марка Розовского. Эра Зиганшина работала с Романом Виктюком в спектакле «Фердинандо» А. Ручелло (Донна Клотильда), была приглашена Генриеттой Яновской на роль Кабанихи в спектакль «Гроза» А.Н. Островского (1998). За эту роль актриса была удостоена премии К.С. Станиславского. В 1999 году была удостоена независимой актёрской премии имени Владислава Стржельчика.

В Санкт-Петербурге в Театре-фестивале «Балтийский дом сыграла роли: Кручинина («Без вины виноватые» А. Н. Островского, режиссёр В. Туманов), Бабушка («Похороните меня за плинтусом» П. Санаева, реж. И. Коняев, 2007), Ольга Берггольц («Ольга. Запретный дневник», реж. И. Коняев, 2010). За роль Бабушки в 2008 году была удостоена Высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит». В спектакле Андрея Могучего и Евгения Гришковца «Пьеса, которой нет» помимо актёрской работы, стала соавтором драматургического текста.

Эра Зиганшина плодотворно работает в кино, на счету актрисы более 70 ролей в полнометражных фильмах и телесериалах, среди которых: «Я шагаю по Москве», «Снежная королева» (роль — Маленькая разбойница), «Небесные ласточки», «Сказка за сказкой», «Воспоминания без даты» (главная роль), «Человек со свалки» (главная роль), «Цветы календулы» (главная роль), «Бандитский Петербург», «Не делайте бисквиты в плохом настроении» (главная роль), «Похороните меня за плинтусом» (фильм-спектакль, главная роль), «Антонина обернулась», «Пучина», «Семейный альбом» (главная роль) и др.

В спектакле «Похороните меня за плинтусом» «Эра Зиганшина, создав потрясюще правдивый характер воительницы, повелительницы и разрушительницы своей немногочисленной семьи, вывела свою героиню на мифологический уровень. Её страстная любовь к внуку (...) сравнима по масштабу со страстью античных героинь Медеи или Федры. (...) Иногда состояние героини Зиганшиной зашкаливает за градус выплавки стали. Это не полубезумная старуха, это воплощение зла. Но мгновенно возникает к ней и жалость, потому что нет ни малейшего намёка на патологию. Её состояние объяснимо (...)». (Галина Коваленко. Несравненная Эра // Нвский Театрал. №2(05). Февраль. 2014)

В Александринском театре в спектакле «Литургия Zero» по роману Ф. М. Достоевского «Игрок» играет роль Бабушки (реж. В. Фокин, 2012). За исполнение этой роли удостоена Российской национальной театральной премии «Золотая Маска» по итогам сезона 2012/2013 («Лучшая роль второго плана»), а также Высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» («Лучшая женская роль») по итогам сезона 2012/2013 гг. «В этой небольшой, но ёмкой роли мастерство актрисы, соединившей свойственные ей психологизм и гротеск с элементами абсурда, достигло абсолюта. Актриса лепит образ, как в кинематографе, крупным планом. В огромном театре не пропадает ни одно её душевное движение, переданное мимически. Старая русская барыня, умная, деспотичная, но с широкой, истинно русской душой, умеющая заглянуть в чужую душу и понять её. Фокин позволил проявить актрисе неслыханную вольность! В своей финальной сцене она стаскивает с себя шляпку, и мы видим насмешливое лицо клоунессы. Брехт в чистом виде, если угодно, родившийся импровизационно, так трудно дающийся русскому актёру эффект остранения». (Галина Коваленко. Несравненная Эра // Нвский Театрал. №2(05). Февраль. 2014)

В 2017 году в спектакле Виктора Рыжакова «Оптимистическая трагедия. Прощальный бал» (Спектакль — лауреат Российской национальной театральной премии «Золотая Маска» в номинации "Лучший спектакль большой формы" по итогам сезона 2017/2018) исполнила несколько ролей: свидетеля истории, матери, бабушки, звёзды, открывающей важную церемонию, танцующей в темноте. «Эра Зиганшина, фирменно скупая в средствах, в своём маленьком выходе от лица матери овладевает залом, перехватывает твоё дыхание, работая как бы сверхкрупным планом». (Геннадий Дорошев. Пессимистическая комедия // Санкт-Петербургские ведомости. 28.09.2017)

В 2020 году приняла участие в аудоспектакле Антона Оконешникова «Театр у аппарата» в рамках мультижанровой программы Александринского театра «Другая сцена».

Награды и премии

• 1980 — Заслуженная артистка РСФСР
• 1998 — Международная премия имени К. С. Станиславского в номинации «Лучшая женская роль» за роль Кабанихи в спектакле «Гроза» по одноимённой пьесе А.Н. Островского (реж. Г. Яновская, МТЮЗ)
• 2000 — Санкт-Петербургская независимая актёрская премия имени Владислава Стржельчика за 1999 год в номинации «Актёр театра и кино»
• 2005 — Народная артистка РФ (Указ Президента РФ № 1153 от 01.10.2005)
• 2008 — Высшая театральная премия Санкт-Петербурга «Золотой софит» в номинации «Лучшая женская роль»  — за роль бабушки в спектакле «Похороните меня за плинтусом» по одноимённой автобиографической повести П. Санаева (реж. И. Коняев, Театр-фестиваль «Балтийский дом»)
• 2013 — Высшая театральная премия Санкт-Петербурга «Золотой софит» в номинации «Лучшая женская роль» — за роль Бабушки в спектакле «Литургия Zero» по роману «Игрок» Ф. Достоевского (реж. В. Фокин, Александринский театр)
  
• 2014 — Российская национальная театральная премия «Золотая Маска» по итогам сезона 2012/2013 («Лучшая роль второго плана») за роль бабушки в спектакле «Литургия Zero»