Роли в РАМТ: Джим («Стеклянный зверинец» Т. Уильямса, реж. А. Огарёв, 2001), Алессандро Медичи («Лоренцаччо» А. Де Мюссе, реж. А. Бородин, 2002), граф Зуров («Эраст Фандорин», реж. А. Бородин, 2002), Лопахин («Вишнёвый сад» А. П. Чехова, реж. А. Бородин, 2004.  Приз фестиваля «Радуга» в номинации «Лучшая роль второго плана»), Фердыщенко, Келлер («Идиот» Ф. М. Достоевского, реж. Р. Обадиа, 2004), Аркаша («Инь и Ян», реж. А. Бородин, 2005), Калабушкин («Самоубийца» Н. Эрдмана, реж. В. Смехов, 2006), Александр Герцен («Берег утопии» 1 часть, 2 часть, 3 часть. Т. Стоппарда, реж. А. Бородин, 2007), Платонов («Платонов. III акт» А.П. Чехова, реж. А. Доронин, 2008), Буркевиц («Роман с кокаином» М. Агеева, реж. О. Рыбкин, 2008. Приз театрального фестиваля «Радуга»), Родион («Приглашение на казнь» В. Набокова, реж. П. Сафонов, 2009), Лонгрен («Алые паруса» А. Грина, реж. А. Бородин, 2010), Авраам Липман («Ничья длится мгновение» И. Мераса, реж. М. Карбаускис, 2010 (Номинация на «Золотую Маску» — лучшая мужская роль), Смирнов («Медведь». «Чехов-GALA» А. П. Чехова реж. А. Бородин), Томас Будденброк («Будденброки» Т. Манна, реж. М. Карбаускис, 2011), Макс («Rock’n’roll» Т. Стоппарда, реж. А. Шапиро, 2011), Яннинг («Нюрнберг» Э. Манна, реж. А. Бородин, 2014), Вилли Брандт («Демократия» М. Фрейна, реж. А. Бородин, 2016), Жуковский, Василий Голицын («Последние дни» М. А. Булгакова, реж. А. Бородин, 2018), Джерри Крол («Проблема» Т. Стоппарда, реж. А. Бородин, 2019).

В 2003 году сыграл роль Епиходова в спектакле Эймунтаса Някрошюса «Вишнёвый сад» (Фонд К. С. Станиславского и театр «Мено Фортас»).

Сотрудничает с Театром Наций. В 2019 году исполнил роль Оливера Ларсена в спектакле Виктора Рыжакова «Иранская конференция». В 2021 году сыграл Его в спектакле Елены Невежиной «Зимние заметки о летних впечатлениях». В 2022 году исполнил роль Фёдора Михайловича Достоевского в спектакле Никиты Кобелева «Осень в Петербурге».

Илья Исаев является актёром дубляжа. Его голосом говорят Том Харди, Бенедикт Камбербэтч, Майкл Фассбендер, Джереми Реннер, а также многие персонажи мультфильмов и компьютерных игр.

Снимается в кино и телесериалах. Среди них: «Государственная защита», «Женские мечты о дальних странах», «Фурцева», «опережая выстрел», «Майор», «Склифосовский», «Чужой среди своих», «Метод», «Родина», «Так поступает женщина» (Главная роль – Василий Ерохин), «Отчаянные», «Коса» и другие.

Награды и премии

• 2012 — Премия «Звезда Театрала» за «Лучшую роль второго плана»
• 2016 — Международная премия Станиславского «За высокие достижения в актёрском искусстве»
• 2018 — Заслуженный артист России