Участвовал как композитор в проектах «ТПО Композитор» П. Поспелова, лауреат президентского гранта «Акция по поддержке театральных инициатив», автор музыки к 18 драматическим спектаклям. Первые работы для театра были написаны в сотрудничестве с Андреем Могучим и Формальным Театром («Долгий рождественский обед», «Пьеса Константина Треплева "Люди, львы, орлы и куропатки"», «Домашний театр», различные перформансы). Сотрудничество с Андреем Могучим продолжилось в Александринском театре - Александр Маноцков создал музыку к спектаклям «Петербург» А. Белого и «Иваны» по Н.В. Гоголю. «Иваны» были удостоены Российской национальной театральной премии «Золотая Маска». Хотя работа композитора в отличие от работы сценографа Александра Шишкина не была отмечена отдельной наградой, но успех этого спектакля во многом определила музыка, ставшая смыслообразующей и структурной доминантой. Маноцков сочинил не просто отдельные музыкальные номера, но создал своеобразную «симфоническую поэму» на гоголевские темы. Музыкальные темы каждого из героев имеют свое драматическое развитие. Музыка задает ритм существования актеров, особую интонацию, создает настроение каждой сцены. Одной из последних ярких работ композитора стала музыка к спектаклю Андрея Могучего «Борис Годунов» по мотивам пьесы А.С. Пушкина и оперы М.П. Мусоргского, поставленного в Варшавском Театре Драматичны в октябре 2008 года. Спектакль был показан в рамках Международного театрального фестиваля ВАРШАВА ЦЕНТРАЛЬНА - 2008 «Stygmaty ciala». В 2009 году за создание музыкальной партитуры спектакля «Борис Годунов» был удостоен награды в Общепольском Конкурсе постановок классической европейской литературы (Teatralna Inscenizacje Dawnych Dziel Literatury Europejskiej). На церемонии закрытия 15-го Российского национального театрального фестиваля «Золотая Маска» была представлена премьера оперы Маноцкова «Золотое» по мотивам русских сказок (автор либретто Михаил Дурненков, постановщики Андрей Могучий и Дмитрий Крымов, 2009).

Также сотрудничает с театральными режиссёрами: Петром Шерешевским (постановки в Театре им. Комиссаржевской, в театре "Особняк", в театрах Самары, Воронежа, Новосибирска), Кириллом Серебренниковым («Голая пионерка», «Антоний&Клеопатра. Версия» в «Современнике», «Господа Головлёвы», «Трехгрошовая опера» в МХТ им.Чехова), Антоном Яковлевым («Крейцерова соната» в МХТ им. А.П. Чехова), Александром Огаревым и Олегом Глушковым (опера «Гвидон» по произведениям Даниила Хармса, «Школа драматического искусства», 2009). Преподает в Школе-студии МХАТ на курсе К. Серебренникова. Автор музыки к фильмам «Мелюзга» режиссёра В. Морозова, к нескольким сериалам компании НТВ-Профит, фильму «Изображая жертву» (реж. К. Серебренников. Фильм получил Гран При «Кинотавра» и Римского Кинофестиваля). Сотрудничал с продюсерской Компанией Е. Миронова, «Studio Six» (американский курс Школы-Студии МХАТ). В кино- и театральных работах является горячим сторонником «живой» музыки. 

Также выступает как мульитиинструменталист (различные джазовые и новоакадемические коллективы) и вокалист (фольклорные ансамбли, новая музыка, новая опера, старинная музыка). В числе ансамблей последних лет – петербургское трио А Бао А Ку (www.abaoaqu.narod.ru), а также вокальный ансамбль «Элеон».
В 2011 году на 22-ом кинофестивале «Кинотавр» Александр Маноцков получил Приз имени Микаэла Таривердиева за лучшую музыку (фильм «Мой Папа – Барышников»). Сотрудничество с Андреем Могучим продолжилось в работе над спектаклем «Процесс» по Ф. Кафке, поставленным в театре «Шаушпильхаус» (Германия, Дюссельдорф).