Является также лауреатом Московской театральной премии «Чайка» (спектакль «Макбетт», реж. Ю. Бутусов, театр «Сатирикон»), Театральной премии «Хрустальная Турандот» (за спектакль «Ричард III», режиссёр Ю. Бутусов, театр «Сатирикон»), лауреатом театральной премии имени Станиславского (номинация «Художественное оформление спектакля», 2009).

Среди младшего поколения отечественных театральных художников, Александр Шишкин – один из самых востребованных, продуктивных и успешных. Ещё не окончив институт, он оформил три спектакля, которые вошли в репертуар признанных профессиональных театров. А один из них – «В ожидании Годо» (поставленный студентом с параллельного режиссёрского курса Юрием Бутусовым с актёрами другого параллельного курса Трухиным, Хабенским, Пореченковым и Зибровым) – впоследствии получил «Золотую Маску», как лучший спектакль сезона. 

Театральное пространство, которое придумывает Шишкин, выдает в нём архитекторскую закваску – его тянет к сложным конструкциям и парадоксальным формам, его театральные работы кажутся удивительно центробежными, будто рассыпающимися, полными неожиданных, даже случайных предметов и не сочетаемых фактур. Но именно это делает сочиненное им пространство особенно богатым. Сам художник говорит, что в последнее время его больше всего интересует хаос. 

Одновременно с театральной работой, Шишкин продолжает оставаться станковым художником. Он занимается и традиционной живописью (участвовал в создании коллекции шейха из Саудовской Аравии и частной галереи в Ирландии), и непривычной цифровой, создавая огромные, очень похожие на «масляные» работы, с помощью компьютера (в 2003 году его выставка прошла на фестивале русского искусства в Ницце). Как у большинства современных художников, в послужном списке Шишкина есть и перформансы: выиграв конкурсы, он устраивал большие действа в Турине («Парад городских тварей») и в Хельсинки («Столбовой инкубатор»). В них, как и в театре, удивительнее всего была его лихая фантазия и умение причудливым образом заселять любое пространство. 

Сотрудничал с режиссёрами: Виктором Крамером («Вохляки из Голоплеков» по И. Тургеневу, театр Фарсы; «Страсти по Мольеру», Санкт-Петербургский государственный академический театр комедии им. Н.П. Акимова; «Троянцы», опера, театр Консерватории; «Село Степанчиково» по Ф. Достоевскому, театр «Фарсы». Премия «Золотой софит», лучшая работа художника), Юрием Бутусовым («В ожидании Годо» С. Беккета, театр им. Ленсовета; «Войцек» Г. Бюхнера, театр им. Ленсовета, реж. Ю. Бутусов; «Сторож» Г. Пинтера, театр на Литейном; «Клоп» В. Маяковского, театр им. Ленсовета; «Калигула», театр им. Ленсовета; «Смерть Тарелкина» А. Сухово-Кобылина, Продюсерский центр «Брат»; «Макбетт» Э. Ионеско, Московский театр «Сатирикон». Премия «Чайка», лучшая работа художника; «Ричард III» У. Шекспира, Московский театр «Сатирикон»; «Гамлет» У. Шекспира, МХТ им. А.П.Чехова), Вениамином Фильштинским («Три сестры» А. Чехова, Театр на Крюковом канале), Андреем Могучим («Борис Годунов» М. Мусоргского, опера Мариинского театра, Соборная площадь Московского Кремля; «Кракатук»; «ДК Ламанчский» по мотивам романа М. Сервантеса «Дон Кихот», Театр-фестиваль «Балтийский дом»; «Пьяные», БДТ им. Г.А. Товстоногова; «Что делать», БДТ им. Г.А. Товстоногова), Алексеем Янковским («Валентинов день» И. Вырыпаева, Молодёжный театр на Фонтанке), Адольфом Шапиро («Рок-н-ролл» Т. Стоппарда, РАМТ, Москва) и др.

В 2001 году оформил сад «Эрмитаж» во время проведения Всемирной театральной олимпиады, а в 2003 и 2004 годах – церемонию открытия театрального фестиваля «Золотая Маска».